สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2555  เพื่อสนองต่อนโยบายของรัฐในด้านการเสริมสร้างสุขภาพของประชาชนอย่างครบวงจร และมีคุณภาพมาตรฐาน ยกระดับคุณภาพของระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ปฏิรูประบบบริหารจัดการทางการแพทย์และสาธารณสุขให้มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพัฒนาและเพิ่มจำนวนแพทย์เพื่อสนองตอบตามความต้องการของ ท้องถิ่นในเขตภาคเหนือตอนบน สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556 และทำการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2556 จำนวน 32 คน โดยมี พลโท ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ นพดล วรอุไร อดีตประธานราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย ดำรงตำแหน่งคณบดีสำนักวิชาแพทยศาสตร์

หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต มุ่งเน้นที่จะผลิตบัณฑิตแพทย์ให้มีความรู้ความสามารถเป็นผู้ใฝ่รู้ ค้นคว้าด้วยตนเอง มีทักษะ เจตคติ ทางด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์และแพทยศาสตร์ที่เหมาะสมทั้งในด้าน การรักษาพยาบาล การส่งเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค และการฟื้นฟูสภาพ รู้จักคิดพิจารณา วิเคราะห์อย่างเป็นระบบ สามารถสื่อสาร นำความรู้ไปประยุกต์ใช้ได้อย่างเหมาะสม มีคุณธรรมและจริยธรรมแห่งวิชาชีพ มีคุณลักษณะของผู้นำ อุทิศตนเพื่อสังคม โดยเห็นประโยชน์ส่วนรวมเป็นสำคัญ สามารถดำรงตนอยู่ได้ในชุมชนและเป็นที่พึ่งของชุมชน

มุ่งสร้างแพทย์ที่มีความรู้ ความสามารถ เป็นผู้ใฝ่รู้ค้นคว้าด้วยตนเอง มีทักษะและเจตคติ ทางด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์และแพทยศาสตร์ที่เหมาะสม มีคุณธรรมและจริยธรรมแห่งวิชาชีพ มีคุณลักษณะของผู้นำ อุทิศตนเพื่อสังคม โดยเห็นประโยชน์ส่วนรวมเป็นสำคัญ

สถาบันการแพทย์ชั้นนำเพื่อชุมชนของอนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง

สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง มีวัตถุประสงค์ในการจัดการศึกษา ให้เป็นไปตามแนวทางของพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 และที่แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2545 ตามพระราชบัญญัติวิชาชีพเวชกรรม พ.ศ. 2525 ตามเกณฑ์มาตรฐานผู้ประกอบวิชาชีพของแพทยสภา พ.ศ. 2545 ตามแนวทาง การปฏิบัติตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2552 เกณฑ์ว่าด้วยการขอเปิดดำเนินการหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต (ฉบับเพิ่มเติมรับรองโดยคณะกรรมการแพทยสภา ในการประชุมครั้งที่ 7/2546 เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม 2546)  และตามพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 เพื่อผลิตบัณฑิตแพทย์ที่มีคุณสมบัติ ดังนี้